1、沤根是大棚甜瓜幼苗死亡常见的主要原因之一。水分过多，幼苗沤根。沤根多发生于长期低温、高湿、寡光照天气，造成幼苗子叶下垂，由绿渐黄，根腐烂而导致地上部萎蔫死亡。

为了避免发生沤根，苗期避免大水漫灌和阴雨天浇水，雨后及时排水，尽量不使幼苗期低温和高湿同时出现于苗床。

2、苗期常发生的病害有猝倒病、立枯病，猝倒病初期在根颈处发生水浸状病斑，逐渐变成黄褐色，后干枯收缩，子叶尚未凋萎就猝倒。

病情发生后由点到片发展。此病多在低温多湿及通风不良时发生。立枯病发病初期茎基部变细，子叶下垂，叶片凋萎，直到全株死亡。

3、肥料烧根导致死苗。幼苗根系比较敏感，未腐熟的有机肥料，特别是鸡粪，会导致作物出现烧根；施用掺假肥料致使作物根系受害；施用过量肥料，导致土壤肥力过大，从而危害作物根系。

4、温度不适宜导致甜瓜苗生理问题。适宜甜瓜根系的温度主要为15～20℃，温度过低也会导致甜瓜幼苗根系比较弱，容易死苗。甜瓜幼苗处于嫩叶、嫩芽的旺盛生长期，因此对于甜瓜幼苗，如果环境温度过低，也容易导致甜瓜幼苗死亡。

5、种子带菌、重茬地块土壤带菌也会导致死苗。种子带菌通常会导致作物幼苗发病，进而影响作物生长发育，比如霜霉病、菌核病等，导致作物幼苗死亡.

连续重茬种植之后，导致地块土壤中病菌积累，幼苗容易发病，特别是镰刀菌、腐霉菌等导致根系腐烂的病菌，幼苗枯死。

6、嫁接接口感染导致幼苗问题。主要由疫霉、镰刀菌、细菌等感染，伤口感染后，常会导致茎基部接口处褐变，秧苗枯萎。